南京港位于長江下游，是江蘇省省會南京市的水上門戶，水路距長江入海口347千米，是江海相通的對外輪開放的內河第一大港，為我國南北交通、江海運輸、水陸換裝的重要樞組。該港水域上界為慈湖河口與烏江河口連線；下界為新河口標與十二圩河口連線，長約98千米。

南京港水域由長江港口和內河港口兩部分組成。長江港口主要包括長江大橋以下以江海轉運為主的新生圩、龍潭、馬渡、西壩、儀征港區；長江大橋以上以江內轉運為主的銅井、七壩港區；為南京工業基地服務的板橋、棲霞、大廠臨港工業港區；為城市物資運輸服務的浦口、梅子洲、下關、上元門港區。內河港口包括高淳、江寧、溧水、六合、浦口及雨花臺6個港區。

新生圩港區位于長江南岸，自執法基地下至南煉1號碼頭上，以外貿物資運輸為主，并具有商品汽車滾裝運輸功能。現有生產性泊位35個（萬噸級及以上12個），年通過能力1959萬噸，碼頭核定最大靠泊8萬噸級。

龍潭港區位于長江南岸，自七鄉河口至西氣東輸管道上，岸線10千米，主要以集裝箱和大宗散貨運輸為主。現有生產性泊位40個（萬噸級及以上12個），年通過能力4096萬噸。

馬渡港區位于長江南岸，自西氣東輸管道至大道河口，以大宗散貨和通用雜貨為主，主要服務于后方臨港產業。現有生產性泊位2個（萬噸級及以上12個），年通過能力1959萬噸，碼頭核定最大靠泊8萬噸級。

龍潭港區位于長江南岸，自七鄉河口至西氣東輸管道上，岸線10千米，主要以集裝箱和大宗散貨運輸為主。現有生產性泊位40個（萬噸級及以上2個），年通過能力4096萬噸。

馬渡港區位于長江南岸，自西氣東輸管道至大道河口，以大宗散貨和通用雜貨為主，主要服務于后方臨港產業。現有生產性泊位2個（萬噸級及以上1個），年通過能力375萬噸。

西壩港區位于長江北岸，從通江集上游至長江四橋上，主要以液體化工品和散雜貨運輸為主，為后方石化工業園區及江北地區物資運輸提供服務。西壩港區包括西壩和通江集兩個作業區。現有生產性泊位17個（萬噸級及以上8個），年通過能力1911萬噸。

儀征港區位于長江北岸，自長江四橋下至泗源溝，以石油化工品運輸為主，主要服務于后方化工園區及長江中上游地區。現有生產性泊位17個（萬噸級及以上6個），年通過能力2152萬噸，碼頭核定最大靠泊8萬噸級。

銅井港區位于長江南岸，自慈湖河口至新民船廠下，主要以散雜貨運輸為主，服務于江寧開發區及馬鞍山地區。現有生產性泊位9個，年通過能力207萬噸。

七壩港區位于長江北岸，自烏江河口至板橋汽渡下1.5千米，主要以散雜貨運輸為主，服務于后方浦口經濟技術開發區、江北及周邊地區。現有生產性泊位3個，年通過能力144萬噸。

板橋港區位于長江南岸，自新民船廠下至華潤熱電碼頭下，港口岸線7.3千米，主要為鋼鐵、電力等企業原材料、成品運輸服務。現有生產性泊位36個（萬噸級及以上2個），年通過能力3023萬噸。

棲霞港區位于長江南岸，自南煉1號碼頭上至七鄉河口，港口岸線3.1千米，主要為南煉等大型企業為主的臨港工業發展服務。現有生產性泊位29個（萬噸級及以上8個），年通過能力1326萬噸。

大廠港區位于長江北岸八卦洲左漢，自石頭河口至通江集上游，港口岸線12.7千米，主要為鋼鐵、石化、電力等臨港企業物資運輸服務。現有生產性泊位54個（萬噸級及以上6個），年通過能力3436萬噸。

浦口港區位于長江北岸，自板橋汽渡下1.5千米至石頭河口，港口岸線2.8千米。現有生產性泊位19個，年通過能力1525萬噸。

梅子洲港區位于梅子洲左緣上段，規劃遠景預留旅游客運。

下關港區位于長江南岸，自華潤熱電碼頭下至鐵路輪渡碼頭下，功能為客運客渡、生活旅游商貿、休閑觀光等。現有生產性泊位14個，年通過能力175萬噸。

上元門港區位于長江南岸，自鐵路輪渡碼頭下至執法基地下游。現有生產性泊位10個（萬噸級及以上1個），年通過能力349萬噸。

南京港依托華東重鎮南京市，交通條件優越，擁有水路、公路、鐵路、航空立體交通網絡。水路外通海洋，辟有至美國、日本、香港、歐洲、東南亞等多個國家和地區幾十條國際航線；內連長江及京杭大運河和眾多支流。鐵路主要由京滬、津浦、滬寧、寧蕪、寧西等多條鐵路干線與全國鐵路網溝通；公路有寧蕪、寧洛、滬蓉、滬陜、長深等高速公路過境，已形成高速及國省干道組成的“對外便捷，干支相連”的交通網絡；航空可通過南京祿口國際機場與各地相連，國內航線通往國內各主要城市，國際航線直通日本美國等國家。具備江河、江海、水陸等多種聯運方式，與世界80多個國家和地區的160多個港口建立友好往來關系。

港口腹地廣闊，直接經濟腹地為江蘇省西部地區（主要是南京市）和安徽省東部地區，間接腹地為長江沿線江蘇省、安徽省、江西省、湖北省、湖南省、重慶市、四川省的沿江地區。該地區資源豐富、土地肥沃、氣候溫和、雨量充沛，工農業生產的基礎條件優越，是我國最主要的經濟密集帶之一。

南京港擁有長江最大的外貿港區、原油港區和煤炭港區；擁有集裝箱、煤炭、礦石、石油、糧食等專業化碼頭，以及滾裝汽車、液體化學品等特種貨物專用碼頭。港口采用了先進的通訊導航系統、現代化的計算機信息系統。進出港口主要貨種為煤炭、石油及制品、金屬礦石、集裝箱、鋼鐵、化工原料等。2014年全港完成貨物吞吐量2.2億噸（長江港口完成2.1億噸），其中外貿吞吐量1974萬噸，集裝箱276萬標準箱。