莆田港位于福建省沿海中部，東臨臺灣海峽，北依省會福州，南接泉州、廈門，北距上海港510海里、福州港132海里，南距廣州港484海里，是福建省近些年重點發展的深水港。

該港橫跨湄洲灣和興化灣，兩灣相隔平海灣，灣口外島嶼眾多，現建有秀嶼港區、東吳港區、興化港區（原三江口港區）。湄洲灣是深入內陸的半封閉狹長形海灣，南北長33千米，跨莆田、泉州兩市，灣內大部水深5米以上，水域寬闊，航道較深，灣口朝向東南，其余三面為陸域環抱，灣口有湄洲島、大竹島等島嶼遮蔽，外海波浪難以傳人灣內，避風條件好，為天然的深水良港。興化灣位于湄洲灣東北，長28千米，寬23千米，是福建省沿海最大的海灣，岸線曲折，口門有南日群島作為天然屏障。

秀嶼港區和東吳港區均位于湄洲灣北部，秀嶼港區是莆田港的主港區，分為秀嶼、莆頭、石門澳3個作業區和楓亭作業點，主要從事集裝箱、散貨、木材、水泥、鋼材、糧食等貨物裝卸、堆存。東吳港區分為羅嶼、東吳、盤嶼3個作業區，目前主要從事煤炭、礦石等散貨裝卸、堆存、混配等業務。

興化港區位于興化灣內，深入灣內，不受外海波浪影響，港區航道水深較深，助航設施完善，港口主要服務地方物資運輸及陸島交通運輸。

截至2014年底，全港共有各類生產性泊位46個，其中萬噸級以上深水泊位8個，完成貨物吞吐量3070萬噸。