深圳港西部港區處于珠江口內東部礬石水道東側，水上交通十分便捷，通過珠江三角洲水網可溝通三角洲地區及港澳，與香港、澳門、廣州的距離都在60海里以內，經西江聯系我國西南地區，船舶經香港或珠江通海航道到達國內沿海及世界各地港口。現有蛇口、赤灣、東角頭、媽灣、大鏟灣福水及內河7個港區，它們位于珠江口伶仃洋的東岸。

蛇口港區位于蛇口南頭半島的南側，在五灣客運碼頭東端至左炮臺山下與赤灣港區分界處范圍內。目前共有500噸級以上深水泊位50個（含非生產性），其中經營性萬噸級以上深水泊位21個，集裝箱專用泊位13個，最大靠泊能力散雜貨為7．5萬噸級、集裝箱為10萬噸級。碼頭岸線總長度8179．6米，設計吞吐能力3252．5萬噸，是深圳市重要的水、陸客貨運輸樞組和設備齊全、綜合性、多功能的對外開放口岸。

赤灣港區緊連著蛇口港區，位于蛇口港區的西側，在南頭半島端部左、右炮臺間的赤灣內。該港區由南山開發股份有限公司開發建設。目前共有泊位26個，其中萬噸級以上深水泊位11個，泊位長1405，5米，設計吞吐能力2139．9萬噸。

東角頭港區位于蛇口港區東側1．5海里，在深圳灣北部的蛇口山腳下，有油碼頭兩個泊位，原貨運碼頭已填海改為其他用途，東角頭為對外開放港區。現有碼頭岸線389．5米，大小泊位5個。由于城市建設需要，部分泊位已經廢除。油碼頭長度110米，水深3．5米左右，有3千噸級成品油泊位2個，其中1號成品油泊位可接卸液化石油氣。

媽灣港區位于南頭半島西側，南自赤灣9號泊位交界處，北至前海灣南岸西端。現有碼頭岸線總長4482米，生產性泊位16個，其中深水泊位12個，年綜合通過能力2549萬噸。

大鏟灣港區位于珠江口，東接寶安區中心城區，北臨深圳國際機場，計劃四期建設。一期工程建成5個泊位。

福永港區位于公沙水道東側，由福永客貨碼頭、深圳國際機場油碼頭及一些小型鄉鎮碼頭組

成。主要功能是機場旅客水路集疏運和機場燃料油的供應，兼營集裝箱和雜貨。

內河主要有深圳河里的上步碼頭、新洲碼頭及寶安的西鄉碼頭、松崗碼頭、東寶河建材碼頭等深圳河各碼頭由于深港西部大橋的影響，已基本停用。現有碼頭岸線654．7米，大小泊位11個。